haptools

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      • ld
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      • simphenotype
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  • Module contents
    • haptools.data.data module
      • Data
    • haptools.data.genotypes module
      • Genotypes
      • GenotypesPLINK
      • GenotypesPLINKTR
      • GenotypesTR
      • GenotypesVCF
      • TRRecordHarmonizerRegion
    • haptools.data.phenotypes module
      • Phenotypes
    • haptools.data.covariates module
      • Covariates
    • haptools.data.haplotypes module
      • Extra
      • Haplotype
      • Haplotypes
      • Repeat
      • Variant
      • classproperty
    • haptools.data.breakpoints module
      • Breakpoints
    • haptools.sim_genotype module
      • get_segment()
      • output_vcf()
      • simulate_gt()
      • start_segment()
      • validate_params()
      • write_breakpoints()
    • haptools.sim_phenotype module
      • Effect
      • Haplotype
      • PhenoSimulator
      • Repeat
      • simulate_pt()
    • haptools.karyogram module
      • GetCentromereClipMask()
      • GetChrom()
      • GetChromOrder()
      • GetCmRange()
      • GetHaplotypeBlocks()
      • GetPopList()
      • PlotHaplotypeBlock()
      • PlotKaryogram()
    • haptools.transform module
      • GenotypesAncestry
      • HaplotypeAncestry
      • HaplotypesAncestry
      • transform_haps()
    • haptools.ld module
      • Haplotype
      • calc_ld()
      • pearson_corr_ld()
    • haptools.index module
      • append_suffix()
      • index_haps()
    • haptools.clump module
      • ComputeExactLD()
      • ComputeLD()
      • GetOverlappingSamples()
      • LoadVariant()
      • SummaryStats
      • Variant
      • WriteClump()
      • clumpstr()